La segunda forma, creo, es la más común por ser la forma tradicional, pero en el área que mencionas, es la primera por influencia anglosajona.
Por esta razón (de existir dos formas), la RAE recomienda la forma científica con espacios (finos, a ser posible) entre miles, y punto o coma (con preferencia por punto) después de las unidades como 1 234 567.89
Sin duda, puedes usar cualquier de las formas y la gente te entenderán en los pocos casos ambiguos si siempre la usas, pero te dejo con lo que dice la Ortografía 2010:
Al igual que se hizo con la forma de separar los grupos de tres cifras en la parte entera de los números, los organismos internacionales de normalización han intentado establecer un uso general común para marcar la separación entre la parte entera y la parte decimal, inclinándose por dar preferencia a la coma en todos los documentos de difusión internacional. Así lo establecer la ISO en su norma ISO 31-0, al igual que la Conferencia General de Pesos y Medidas […] No obstante, este último organismo decidió admitir ambos signos en su vigesimosegunda reunión […] reconociendo que la recomendación puede entrar en conflicto con la costumbre asentada en la lenguas o países que usan para ello el punto.
En el ámbito hispánico, el uso de cada uno de estos signos se distribuye geográficamente casi a partes iguales: la coma se emplea en la Argentina, Chile, Colombia, el Ecuador, España, el Paraguay, el Perú y el Uruguay; mientras que se usa el punto en México, Guatemala, Honduras, Nicaragua, Panamá, Puerto Rico, la República Dominicana y Venezuela, así como entre los hispanohablantes estadounidenses; hay también países, como Bolivia, Costa Rica, Cuba y El Salvador, donde se utilizan ambos. Con el fin de promover un proceso tendente hacia la unificación, se recomienda el uso del punto como signo separador de los decimales.
Yo creo que haya errado en preferir el punto, dejando que la influencia anglófona crezca, pero ¿qué se le puede hacer? Ah...seguir usando la coma ;-)