Dado que hace poco respondí otra pregunta que también tocaba este tema, aprovecho el material recopilado para responder esta.
Como bien apuntáis en los comentarios, el uso del subjuntivo en el ejemplo dado es, a todas luces, una sustitución del condicional.
Sobre la alternancia entre las construcciones HABRÍA ... y HUBIERA ..., la Nueva Gramática dice (la negrita es mía):
24.2q El PRETÉRITO PLUSCUAMPERFECTO DE SUBJUNTIVO (HUBIERA o HUBIESE CANTADO) neutraliza dos tiempos del indicativo, como se explicó en el § 24.1a: el pretérito pluscuamperfecto y el condicional compuesto. (...) Los usos de HUBIERA o HUBIESE CANTADO se dividen en dos grupos. En el primero, esta forma no alterna con HABRÍA CANTADO, sino que aparece inducida por algún elemento gramatical (...) En el segundo se produce una alternancia libre, como en Me {habría ~ hubiera} gustado trabajar con él.
En los puntos siguientes explica los distintos casos y da multitud de ejemplos de la alternancia, cuándo aplica y cuándo no. Recomiendo la lectura de 24.2s, 24.2t y 24.2u; por mi parte me limitaré a decir que el uso que planteas es válido y aceptado tanto en el español americano como en el europeo.
Por completar, en 24.2x se dan un par de ejemplos que cuadran exactamente con los expuestos en la pregunta:
24.2x En el § 23.15o se explica que el contenido que aportan las prótasis condicionales queda tácito en un gran número de contextos. El marco o el ámbito irreal que aportan esos segmentos no se expresa en tales casos, pero está presente en la conciencia lingüística de los hablantes:
No subí a la noria porque me hubiera mareado [se entiende '... de haber subido']); Es mejor que no hayas visto la película. Te hubiera decepcionado [se entiende '... de haberla visto'].
Resumiendo: sí, la construcción es correcta.