Llevo un tiempo dándole vueltas a esto y aún no encuentro una respuesta clara, hay un caso curioso que como programador tengo presente en todo momento cuando me planteo este dilema... Voy a dejar mi opinión y si fallo en algo corregidme por favor. "Al fin y al cabo soy de números pero me esfuerzo por redactar lo mejor posible :)" De hecho, ya que estoy, perdonad las faltas de ortografía.
El tema es que hay dos formas de interpretar '¿Estabas despierto o te desperté?'.
En la primera situación es como usar un operador logico OR, se da por hecho que no tiene por qué ser cierta ninguna de las dos condiciones, es decir, puede que estés preguntando las dos a la vez esperando una respuesta de sí o no (en el caso de que se cumpla mínimo una será sí y si no se cumple ninguna será no)
En este caso a mí me parece que la forma correcta es expresarlo en una sola pregunta sin comas ya que al pronunciarlo el tono de pregunta empieza en el primer caso y acaba en el segundo, además, no se pausa.
En la segunda situación se da por hecho que una de las dos seguro que va a ser cierta y se espera como respuesta uno de los dos casos por lo tanto yo usaría una coma, ya que en este caso se pronuncia de forma pausada pero no se usan dos tonos de pregunta si no que pausas a mitad de la entonación, por lo tanto sería: ¿Estabas despierto, o te desperté?
No creo que sea correcto usar ¿Estabas despierto?,¿O te desperté? debido a que no se entona así la pregunta. Al menos desde mi punto de vista, para muestra prueba a leer estas preguntas exagerando tu tono de pregunta y verás como no se pronuncian igual, en la primera utilizas un tono seguido de pregunta aunque con una pausa y un final un poco menos 'melódico' cerca del final y en la segunda dos tonos, a mi me parece que lo que buscamos es mas similar a la primera. "He quitado la 'o' en la segunda para que se entienda mi punto"
¿Estabas despierto, o te desperté?
¿Estabas despierto?, ¿Te desperté?
Ahora prueba a leer esto con la entonación de la segunda, ¿no suena raro?: ¿Estabas despierto?,¿O te desperté?
De hecho la segunda forma sería un planteamiento nuevo sin o, por lo que esperas dos respuestas de sí o no, una por cada pregunta... Como mola analizar la lengua.
No se, he respondido de forma bastante subjetiva basada en el terreno de la programación, creo que gramaticalmente no es así pero me parece que es un planteamiento coherente con nuestra forma de pronunciar que permite a su vez diferenciar ambos casos al leerlos sin necesidad de un contexto de la pregunta, en fin, me gustaría saber que opinan de este planteamiento y me corrijan si está mal. Muchas gracias :)