En los comentarios ya hemos atestiguado que la expresión viene de lejos, dado que se usaba ya en el siglo XVI de forma conjunta, en su variante de "flor y nata" y en la de "nata y flor". Sin embargo, por separado van mucho más allá:
Et toda la flor de la caualleria de francia es en esta hueste.
Anónimo, "Gran Conquista de Ultramar", España (1293)
Sin embargo, la pista definitiva nos la da la traducción de los términos al latín. Sabemos que "flor" viene de flos, floris. En principio podríamos pensar que por entonces ese término se podía interpretar de forma literal, pero vemos que no es así. En el diccionario de autoridades se manejan las acepciones y sus traducciones por separado, indicando así:
FLOR. Metaphoricamente significa la parte mas escogida y selecta de alguna cosa, como de un Reino, Provincia, &c. Lat. Flos.
NATA. Metaphoricamente se toma por lo principal y mas estimado en qualquier linea. Lat. Flos.
Es decir, en latín el término flos, floris ya tenía ese significado metafórico. Por tanto, luego va a ser complicado darle un origen a dicha metáfora. Nos quedamos sencillamente con que la metáfora se extendió a la nata, seguramente por la definición de "flor" con respecto al vino ("la natilla que hace el vino en lo alto de la cuba"), que mezcla los dos términos. Al ser dicha natilla algo que flota por sobre todo el resto del vino, se puede entender ese sentido metafórico de algo que está por encima de lo demás: lo más selecto. Y de ahí a "la flor y nata" hay un paso, como ya atestiguan los documentos de 1550 que llaman "flor y nata" a dicha natilla del vino.