Son dos maneras distintas de expresar el "futuro en el pasado". Se corresponden con las dos formas de expresar el futuro simple.
Si decimos
Todos sabíamos que iba a fallar
es porque en el pasado decíamos
Todos sabemos que va a fallar.
La perífrasis "va a + infinitivo" indica futuro, pero está conjugada en el presente. Para que indique "futuro en el pasado", simplemente se conjuga el verbo ir en el pretérito imperfecto.
Y si decimos
Todos sabíamos que fallaría
es porque en el pasado decíamos
Todos sabemos que fallará.
Para colocar "fallará" en el pasado usamos el condicional, porque es su función.
Resumiendo:
- va a fallar → iba a fallar
- fallará → fallaría
Descripción del condicional en el Manual de la Nueva Gramática de la Lengua Española (extracto):
23.8.1a El condicional simple designa una situación posterior a otra pretérita, por lo que ha sido caracterizado como un “futuro del pasado” (pospretérito en el sistema de Andrés Bello). Es, pues, un tiempo relativo y presenta puntos de contacto tanto con el futuro como con el pretérito imperfecto.